संस्थापक उपकुलपतिलाई तत्कालीन प्रधानमन्त्रीले हठात् अपमानपूर्वक हट्न बाध्य बनाएपछिका वर्षहरूका काठमाडौं विश्वविद्यालयको साख लगभग शून्यमा पुगेको छ । काठमाडौं विश्वविद्यालय राज्यले असहयोग र हस्तक्षेपमात्र नगरे पनि नेपालीहरू विश्वस्तरको संस्था निर्माण गर्न सक्षम छन् भन्ने उदाहरण बनेको थियो । स्थापनाको छोटै समयमा यो विश्वविद्यालय स्तरीय शिक्षाको मानक बन्नपुग्यो । काठमाडौं विश्वविद्यालय नाफा कमाउन खोलिएको निजी क्षेत्रको शिक्षण संस्था पनि होइन । सार्वजनिक संस्थाका सबै मानकहरू पूरा गरेरै पनि राज्यको खासै सहयोग नलिईकनै विश्वविद्यालयले अन्तर्राष्ट्रिय ख्याति आर्जन गर्न सकेको थियो । त्यस्तो संस्थालाई वैयक्तिक राजनीतिक स्वार्थमा प्रयोग गर्न खोजिएपछि संस्थापक उपकुलपतिले पदबाट राजीनामा गरेका थिए । त्यसपछि नियुक्त गरिएका उपकुलपतिको कार्यकालमा भने काठमाडौं विश्वविद्यालयको साख राष्ट्रिय र अन्तर्राष्ट्रिय स्तरमा लगातार गिरेको छ ।  

तत्कालीन प्रधानमन्त्री डा. बाबुराम भट्टराईको निर्देशनअनुसार निजी मेडिकल कलेजहरूलाई सम्बन्धन दिन तयार नभएकाले समारोह भएकै ठाउँमा संस्थापक उपकुलपति डा. सुरेशराज शर्मासँग राजीनामा मागियो । विश्वविद्यालयलाई राजनीतिक किचलोबाट जोगाएर उन्नत बनाउने जन्मदाताका लागि ससम्भवतः त्यो अपमान र हस्तक्षेप मञ्जुुर भएन । डा. शर्माले तत्काल उपकुलपति पदबाट राजीनामा दिएर विश्वविद्यालयलाई विवादको भुमरीमा पर्नबाट जोगाए । दुर्भाग्य, डा. शर्माको सदाशयले मात्र विश्वविद्यालयको गरिमा जोगिन सकेन । उनीपछि नियुक्त उपकुलपतिको दुई कार्यकाल विवादैै विवादमा बित्यो । धेरै योग्य र असल प्राध्यापकहरूले  विश्वविद्यालय छाडे । त्यसको परिणामस्वरूप विश्वविद्यालयको शैक्षिक गुणस्तरमा ह्रास आयो भने छवि पनि धमिलो भयो । कुनै बेला शैक्षिक उत्कृष्टताको आदर्श बनेको काठमाडौं विश्वविद्यालय नेपालका औसत विश्वविद्यालयकै तहमा खस्क्यो । विसं २०४८ पछिका अरू कुनै प्रधानमन्त्रीले हस्तक्षेप नगरेको काठमाडौं विश्वविद्यालयमा हस्तक्षेप गरेर यसको साख ध्वस्त पारेको कलङ्कबाट डा. भट्टराई कहिल्यै मुक्त हुनसक्ने देखिँदैन ।

अबको केही महिनामा वर्तमान उपकुलपतिको दोस्रो कार्यकाल समाप्त हुँदैछ । उनको कार्यकालमा आन्तरिक विवादका कारणले पनि विश्वविद्यालयको छवि बिग्य्रो । राजनीतिक विवादबाट जोगिएको काठमाडौं विश्वविद्यालयमा उनकै कार्यकालमा दलगत विवाद र विभाजन भित्रियो । अर्थात्, कुशल चिकित्सक मानिएका डा. रामकृष्ण माकजु सफल उपकुलपति हुन सकेनन् । यसका लागि उनलाई मात्र दोष दिनु भने अन्याय हुनेछ । डा. शर्मा र उनका सहयोगी विद्वान्हरूले बनाएको भए पनि काठमाडौं विश्वविद्यालय राज्यको सम्पत्ति हो । यसैले सत्तामा हुनेहरूको बुद्धि र विवेक भए यस्तो संस्थाको गरिमा जोगाउन उपलब्ध सबै उपाय अपनाउन विश्वविद्यालयका कुलपति अग्रसर हुनुपर्छ । सरकारको सहयोगविना काठमाडौं विश्वविद्यालयको विश्वसनीयता र साखलाई पुरानै अवस्थामा फर्काउन सकिँदैन । हुनत, अहिलेका प्रधानमन्त्री केपी शर्मा ओली र उनको नेतृत्वको सरकारबाट राजनीतिक स्वार्थ नराखी काठमाडौं विश्वविद्यालयको हितमात्र हेरेर निर्णय हुने अपेक्षा राख्नु मूर्खता हुने देखिन्छ । तैपनि, विश्वविद्यालयका कुलपति तथा प्रधानमन्त्रीले असल र योग्य व्यक्ति उपकुलपति नियुक्त गरेर यसको साख फर्काउन खोजेमा सम्भव पनि हुन्छ । पुराना कम्युनिस्ट डा. भट्टराईले सिध्याइदिएको काठमाडौं विश्वविद्यालयलाई जगाउन हालका कम्युनिस्ट प्रधानमन्त्री ओलीले ध्यान दिए सबैले सराहना गर्नेथिए ।